A Gestão de Risco possibilita a prevenção ou mitigação de ameaças que impedem a instituição de cumprir os seus objetivos, ou de forma positiva, potencializar possíveis oportunidades que favorecem a execução de sua missão. O TCE/MS aplica a gestão de risco em duas frentes de atuação distintas, porém dependentes. Uma frente de atuação ocorre no controle interno, apoiando as áreas de governança do Tribunal na execução de suas atividades; e outra frente de atuação acontece no apoio ao Controle Externo, com o uso de matriz de risco no qual permite a avaliação das ações de políticas públicas dos gestores municipais e estaduais do Estado de Mato Grosso do Sul.